Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- a -

• allocate_observed_obs() : allocate_observed_obs.stan
• apply_arima_residual() : arima_kernel.stan
• apply_gp_term() : gaussian_process.stan
• apply_missing_reference_effects() : apply_missing_reference_effects.stan
• arima_filter() : arima_kernel.stan
• arima_kernel_matrix() : arima_kernel.stan
• arma_impulse() : arima_kernel.stan

- c -

• check_for_analytical() : primarycensored.stan
• combine_effects() : combine_effects.stan
• combine_logit_hazards() : combine_logit_hazards.stan
• cumulative_converse_log_hazard() : hazard.stan
• cumulative_op() : arima_kernel.stan

- d -

• delay_group_lpmf() : delay_lpmf.stan
• delay_snap_lpmf() : delay_lpmf.stan
• diagSPD_EQ() : gaussian_process.stan
• diagSPD_Matern12() : gaussian_process.stan
• diagSPD_Matern32() : gaussian_process.stan
• diagSPD_Matern52() : gaussian_process.stan
• diagSPD_Periodic() : gaussian_process.stan
• discretised_pcens_logit_hazard() : primarycensored_pmf.stan
• dist_has_positive_support() : primarycensored.stan
• dist_lcdf() : primarycensored.stan

- e -

• effect_priors_lp() : effects_priors_lp.stan
• enw_to_pcens_dist_id() : primarycensored_pmf.stan
• enw_to_pcens_params() : primarycensored_pmf.stan
• expected_obs() : expected_obs.stan
• expected_obs_from_index() : expected_obs_from.stan
• expected_obs_from_snaps() : expected_obs_from.stan
• expgrowth_lpdf() : primarycensored.stan
• extract_group_rates() : log_expected_latent_from_r.stan

- f -

• filt_obs_indexes() : filt_obs_indexes.stan

- g -

• gp_priors_lp() : regression.stan

- h -

• hazard_to_log_prob() : hazard.stan

- l -

• log_dot_product() : utils.stan
• log_expected_by_report() : log_expected_by_report.stan
• log_expected_latent_from_r() : log_expected_latent_from_r.stan
• log_expected_obs_from_latent() : log_expected_obs_from_latent.stan
• log_hazard_to_logit_hazard() : primarycensored_pmf.stan
• log_weibull_g() : primarycensored.stan
• lower_toeplitz() : arima_kernel.stan
• lprob_to_log_hazard() : primarycensored_pmf.stan

- m -

• matern_indices() : gaussian_process.stan

- n -

• num_nonzero() : utils.stan

- o -

• obs_lpmf() : obs_lpmf.stan
• obs_rng() : obs_rng.stan

- p -

• pacf_to_phi() : arima_kernel.stan
• primary_lpdf() : primarycensored.stan
• primarycensored_analytical_cdf() : primarycensored.stan
• primarycensored_analytical_lcdf() : primarycensored.stan
• primarycensored_analytical_lcdf_raw() : primarycensored.stan
• primarycensored_apply_truncation() : primarycensored.stan
• primarycensored_cdf() : primarycensored.stan
• primarycensored_gamma_uniform_lcdf() : primarycensored.stan
• primarycensored_lcdf() : primarycensored.stan
• primarycensored_log_normalizer() : primarycensored.stan
• primarycensored_lognormal_uniform_lcdf() : primarycensored.stan
• primarycensored_ode() : primarycensored.stan
• primarycensored_sone_lpmf_vectorized() : primarycensored.stan
• primarycensored_truncation_bounds() : primarycensored.stan
• primarycensored_weibull_uniform_lcdf() : primarycensored.stan
• prob_to_hazard() : hazard.stan

- r -

• regression_predictor() : regression.stan
• regression_priors_lp() : regression.stan

- u -

• update_gp() : gaussian_process.stan

- z -

• zero_truncated_normal_lpdf() : zero_truncated_normal.stan