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Reference date logit hazard reporting model module

Usage

enw_reference(
  parametric = ~1,
  distribution = c("lognormal", "none", "exponential", "gamma", "loglogistic"),
  non_parametric = ~0,
  data
)

Arguments

parametric

A formula (as implemented in enw_formula()) describing the parametric reference date delay model. This can use features defined by report date as defined in metareference as produced by enw_preprocess_data(). Note that this formula will be applied to all summary statistics of the chosen parametric distribution but each summary parameter will have separate effects. Use ~ 0 to not use a parametric model.

distribution

A character vector describing the parametric delay distribution to use. Current options are: "none", "lognormal", "gamma", "exponential", and "loglogistic", with the default being "lognormal".

non_parametric

A formula (as implemented in enw_formula()) describing the non-parametric logit hazard model. This can use features defined by reference date and by delay. It draws on a linked data.frame using metareference and metadelay as produced by enw_preprocess_data(). When an effect per delay is specified this approximates the cox proportional hazard model in discrete time with a single strata. When used in conjunction with a parametric model it likely makes sense to disable the intercept in order to make the joint model identifiable (i.e. ~ 0 + (1 | delay)).

data

Output from enw_preprocess_data().

Value

A list containing the supplied formulas, data passed into a list describing the models, a data.frame describing the priors used, and a function that takes the output data and priors and returns a function that can be used to sample from a tightened version of the prior distribution.

See also

Examples

# Parametric model with a lognormal distribution
enw_reference(
 parametric = ~1, distribution = "lognormal",
 data = enw_example("preprocessed")
)
#> $formula
#> $formula$parametric
#> [1] "~1"
#> 
#> $formula$non_parametric
#> [1] "~1"
#> 
#> 
#> $data
#> $data$refp_fdesign
#>   (Intercept)
#> 1           1
#> 
#> $data$refp_fintercept
#> [1] 1
#> 
#> $data$refp_fnrow
#> [1] 1
#> 
#> $data$refp_findex
#>  [1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
#> [39] 1 1 1
#> 
#> $data$refp_fnindex
#> [1] 41
#> 
#> $data$refp_fncol
#> [1] 0
#> 
#> $data$refp_rdesign
#>      (Intercept)
#> attr(,"assign")
#> [1] 0
#> 
#> $data$refp_rncol
#> [1] 0
#> 
#> $data$model_refp
#> [1] 2
#> 
#> $data$refnp_fdesign
#>     (Intercept)
#> 1             1
#> 2             1
#> 3             1
#> 4             1
#> 5             1
#> 6             1
#> 7             1
#> 8             1
#> 9             1
#> 10            1
#> 11            1
#> 12            1
#> 13            1
#> 14            1
#> 15            1
#> 16            1
#> 17            1
#> 18            1
#> 19            1
#> 20            1
#> 21            1
#> 22            1
#> 23            1
#> 24            1
#> 25            1
#> 26            1
#> 27            1
#> 28            1
#> 29            1
#> 30            1
#> 31            1
#> 32            1
#> 33            1
#> 34            1
#> 35            1
#> 36            1
#> 37            1
#> 38            1
#> 39            1
#> 40            1
#> 41            1
#> 42            1
#> 43            1
#> 44            1
#> 45            1
#> 46            1
#> 47            1
#> 48            1
#> 49            1
#> 50            1
#> 51            1
#> 52            1
#> 53            1
#> 54            1
#> 55            1
#> 56            1
#> 57            1
#> 58            1
#> 59            1
#> 60            1
#> 61            1
#> 62            1
#> 63            1
#> 64            1
#> 65            1
#> 66            1
#> 67            1
#> 68            1
#> 69            1
#> 70            1
#> 71            1
#> 72            1
#> 73            1
#> 74            1
#> 75            1
#> 76            1
#> 77            1
#> 78            1
#> 79            1
#> 80            1
#> 81            1
#> 82            1
#> 83            1
#> 84            1
#> 85            1
#> 86            1
#> 87            1
#> 88            1
#> 89            1
#> 90            1
#> 91            1
#> 92            1
#> 93            1
#> 94            1
#> 95            1
#> 96            1
#> 97            1
#> 98            1
#> 99            1
#> 100           1
#> 101           1
#> 102           1
#> 103           1
#> 104           1
#> 105           1
#> 106           1
#> 107           1
#> 108           1
#> 109           1
#> 110           1
#> 111           1
#> 112           1
#> 113           1
#> 114           1
#> 115           1
#> 116           1
#> 117           1
#> 118           1
#> 119           1
#> 120           1
#> 121           1
#> 122           1
#> 123           1
#> 124           1
#> 125           1
#> 126           1
#> 127           1
#> 128           1
#> 129           1
#> 130           1
#> 131           1
#> 132           1
#> 133           1
#> 134           1
#> 135           1
#> 136           1
#> 137           1
#> 138           1
#> 139           1
#> 140           1
#> 141           1
#> 142           1
#> 143           1
#> 144           1
#> 145           1
#> 146           1
#> 147           1
#> 148           1
#> 149           1
#> 150           1
#> 151           1
#> 152           1
#> 153           1
#> 154           1
#> 155           1
#> 156           1
#> 157           1
#> 158           1
#> 159           1
#> 160           1
#> 161           1
#> 162           1
#> 163           1
#> 164           1
#> 165           1
#> 166           1
#> 167           1
#> 168           1
#> 169           1
#> 170           1
#> 171           1
#> 172           1
#> 173           1
#> 174           1
#> 175           1
#> 176           1
#> 177           1
#> 178           1
#> 179           1
#> 180           1
#> 181           1
#> 182           1
#> 183           1
#> 184           1
#> 185           1
#> 186           1
#> 187           1
#> 188           1
#> 189           1
#> 190           1
#> 191           1
#> 192           1
#> 193           1
#> 194           1
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#> 196           1
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#> 202           1
#> 203           1
#> 204           1
#> 205           1
#> 206           1
#> 207           1
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#> 355           1
#> 356           1
#> 357           1
#> 358           1
#> 359           1
#> 360           1
#> 361           1
#> 362           1
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#> 772           1
#> 773           1
#> 774           1
#> 775           1
#> 776           1
#> 777           1
#> 778           1
#> 779           1
#> 780           1
#> 781           1
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#> 816           1
#> 817           1
#> 818           1
#> 819           1
#> 820           1
#> attr(,"assign")
#> [1] 0
#> 
#> $data$refnp_fintercept
#> [1] 1
#> 
#> $data$refnp_fnrow
#> [1] 820
#> 
#> $data$refnp_findex
#>   [1]   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18
#>  [19]  19  20  21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36
#>  [37]  37  38  39  40  41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54
#>  [55]  55  56  57  58  59  60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72
#>  [73]  73  74  75  76  77  78  79  80  81  82  83  84  85  86  87  88  89  90
#>  [91]  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
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#> [217] 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234
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#> [253] 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270
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#> [289] 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306
#> [307] 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324
#> [325] 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342
#> [343] 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360
#> [361] 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378
#> [379] 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396
#> [397] 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414
#> [415] 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432
#> [433] 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450
#> [451] 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468
#> [469] 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486
#> [487] 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504
#> [505] 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522
#> [523] 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540
#> [541] 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558
#> [559] 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576
#> [577] 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594
#> [595] 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612
#> [613] 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630
#> [631] 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648
#> [649] 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666
#> [667] 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684
#> [685] 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702
#> [703] 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720
#> [721] 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738
#> [739] 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756
#> [757] 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774
#> [775] 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792
#> [793] 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810
#> [811] 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820
#> 
#> $data$refnp_fnindex
#> [1] 820
#> 
#> $data$refnp_fncol
#> [1] 0
#> 
#> $data$refnp_rdesign
#>      (Intercept)
#> attr(,"assign")
#> [1] 0
#> 
#> $data$refnp_rncol
#> [1] 0
#> 
#> $data$model_refnp
#> [1] 0
#> 
#> 
#> $priors
#>             variable
#>               <char>
#> 1:     refp_mean_int
#> 2:       refp_sd_int
#> 3: refp_mean_beta_sd
#> 4:   refp_sd_beta_sd
#> 5:         refnp_int
#> 6:     refnp_beta_sd
#>                                                       description
#>                                                            <char>
#> 1:         Log mean intercept for parametric reference date delay
#> 2: Log standard deviation for the parametric reference date delay
#> 3:    Standard deviation of scaled pooled parametric mean effects
#> 4:      Standard deviation of scaled pooled parametric sd effects
#> 5:              Intercept for non-parametric reference date delay
#> 6:     Standard deviation of scaled pooled non-parametric effects
#>             distribution  mean    sd
#>                   <char> <num> <num>
#> 1:                Normal   1.0     1
#> 2: Zero truncated normal   0.5     1
#> 3: Zero truncated normal   0.0     1
#> 4: Zero truncated normal   0.0     1
#> 5:                Normal   0.0     1
#> 6: Zero truncated normal   0.0     1
#> 
#> $inits
#> function (data, priors) 
#> {
#>     priors <- enw_priors_as_data_list(priors)
#>     fn <- function() {
#>         init <- list(refp_mean_int = numeric(0), refp_sd_int = numeric(0), 
#>             refp_mean_beta = numeric(0), refp_sd_beta = numeric(0), 
#>             refp_mean_beta_sd = numeric(0), refp_sd_beta_sd = numeric(0), 
#>             refnp_int = numeric(0), refnp_beta = numeric(0), 
#>             refnp_beta_sd = numeric(0))
#>         if (data$model_refp > 0) {
#>             init$refp_mean_int <- array(rnorm(1, priors$refp_mean_int[1], 
#>                 priors$refp_mean_int[2]/10))
#>         }
#>         if (data$model_refp > 1) {
#>             init$refp_sd_int <- array(abs(rnorm(1, priors$refp_sd_int[1], 
#>                 priors$refp_sd_int[2]/10)))
#>         }
#>         init$refp_mean <- rep(init$refp_mean_int, data$refp_fnrow)
#>         init$refp_sd <- rep(init$refp_sd_int, data$refp_fnrow)
#>         if (data$refp_fncol > 0) {
#>             init$refp_mean_beta <- array(rnorm(data$refp_fncol, 
#>                 0, 0.01))
#>             if (data$model_refp > 1) {
#>                 init$refp_sd_beta <- array(rnorm(data$refp_fncol, 
#>                   0, 0.01))
#>             }
#>         }
#>         if (data$refp_rncol > 0) {
#>             init$refp_mean_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refp_rncol, 
#>                 priors$refp_mean_beta_sd_p[1], priors$refp_mean_beta_sd_p[2]/10)))
#>             if (data$model_refp > 1) {
#>                 init$refp_sd_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refp_rncol, 
#>                   priors$refp_sd_beta_sd_p[1], priors$refp_sd_beta_sd_p[2]/10)))
#>             }
#>         }
#>         if (data$model_refnp > 0) {
#>             if (data$refnp_fintercept > 0) {
#>                 init$refnp_int <- array(rnorm(1, priors$refnp_int_p[1], 
#>                   priors$refnp_int_p[2]/10))
#>             }
#>             if (data$refnp_fncol > 0) {
#>                 init$refnp_beta <- array(rnorm(data$refnp_fncol, 
#>                   0, 0.01))
#>             }
#>             if (data$refnp_rncol > 0) {
#>                 init$refnp_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refnp_rncol, 
#>                   priors$refnp_beta_sd_p[1], priors$refnp_beta_sd_p[2]/10)))
#>             }
#>         }
#>         return(init)
#>     }
#>     return(fn)
#> }
#> <bytecode: 0x560dd6afd800>
#> <environment: 0x560dd6ae4050>
#> 

# Non-parametric model with a random effect per delay
enw_reference(
 parametric = ~ 0, non_parametric = ~ 1 + (1 | delay),
 data = enw_example("preprocessed")
)
#> $formula
#> $formula$parametric
#> [1] "~1"
#> 
#> $formula$non_parametric
#> [1] "~1 + (1 | delay)"
#> 
#> 
#> $data
#> $data$refp_fdesign
#>   (Intercept)
#> 1           1
#> 
#> $data$refp_fintercept
#> [1] 1
#> 
#> $data$refp_fnrow
#> [1] 1
#> 
#> $data$refp_findex
#>  [1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
#> [39] 1 1 1
#> 
#> $data$refp_fnindex
#> [1] 41
#> 
#> $data$refp_fncol
#> [1] 0
#> 
#> $data$refp_rdesign
#>      (Intercept)
#> attr(,"assign")
#> [1] 0
#> 
#> $data$refp_rncol
#> [1] 0
#> 
#> $data$model_refp
#> [1] 0
#> 
#> $data$refnp_fdesign
#>     (Intercept) delay0 delay1 delay2 delay3 delay4 delay5 delay6 delay7 delay8
#> 1             1      1      0      0      0      0      0      0      0      0
#> 2             1      0      1      0      0      0      0      0      0      0
#> 3             1      0      0      1      0      0      0      0      0      0
#> 4             1      0      0      0      1      0      0      0      0      0
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#>  [1] 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
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#> 
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#> [397] 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414
#> [415] 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432
#> [433] 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450
#> [451] 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468
#> [469] 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486
#> [487] 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504
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#> [559] 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576
#> [577] 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594
#> [595] 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612
#> [613] 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630
#> [631] 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648
#> [649] 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666
#> [667] 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684
#> [685] 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702
#> [703] 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720
#> [721] 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738
#> [739] 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756
#> [757] 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774
#> [775] 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792
#> [793] 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810
#> [811] 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820
#> 
#> $data$refnp_fnindex
#> [1] 820
#> 
#> $data$refnp_fncol
#> [1] 20
#> 
#> $data$refnp_rdesign
#>    fixed delay
#> 1      0     1
#> 2      0     1
#> 3      0     1
#> 4      0     1
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#> 7      0     1
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#> 17     0     1
#> 18     0     1
#> 19     0     1
#> 20     0     1
#> attr(,"assign")
#> [1] 1 2
#> 
#> $data$refnp_rncol
#> [1] 1
#> 
#> $data$model_refnp
#> [1] 1
#> 
#> 
#> $priors
#>             variable
#>               <char>
#> 1:     refp_mean_int
#> 2:       refp_sd_int
#> 3: refp_mean_beta_sd
#> 4:   refp_sd_beta_sd
#> 5:         refnp_int
#> 6:     refnp_beta_sd
#>                                                       description
#>                                                            <char>
#> 1:         Log mean intercept for parametric reference date delay
#> 2: Log standard deviation for the parametric reference date delay
#> 3:    Standard deviation of scaled pooled parametric mean effects
#> 4:      Standard deviation of scaled pooled parametric sd effects
#> 5:              Intercept for non-parametric reference date delay
#> 6:     Standard deviation of scaled pooled non-parametric effects
#>             distribution  mean    sd
#>                   <char> <num> <num>
#> 1:                Normal   1.0     1
#> 2: Zero truncated normal   0.5     1
#> 3: Zero truncated normal   0.0     1
#> 4: Zero truncated normal   0.0     1
#> 5:                Normal   0.0     1
#> 6: Zero truncated normal   0.0     1
#> 
#> $inits
#> function (data, priors) 
#> {
#>     priors <- enw_priors_as_data_list(priors)
#>     fn <- function() {
#>         init <- list(refp_mean_int = numeric(0), refp_sd_int = numeric(0), 
#>             refp_mean_beta = numeric(0), refp_sd_beta = numeric(0), 
#>             refp_mean_beta_sd = numeric(0), refp_sd_beta_sd = numeric(0), 
#>             refnp_int = numeric(0), refnp_beta = numeric(0), 
#>             refnp_beta_sd = numeric(0))
#>         if (data$model_refp > 0) {
#>             init$refp_mean_int <- array(rnorm(1, priors$refp_mean_int[1], 
#>                 priors$refp_mean_int[2]/10))
#>         }
#>         if (data$model_refp > 1) {
#>             init$refp_sd_int <- array(abs(rnorm(1, priors$refp_sd_int[1], 
#>                 priors$refp_sd_int[2]/10)))
#>         }
#>         init$refp_mean <- rep(init$refp_mean_int, data$refp_fnrow)
#>         init$refp_sd <- rep(init$refp_sd_int, data$refp_fnrow)
#>         if (data$refp_fncol > 0) {
#>             init$refp_mean_beta <- array(rnorm(data$refp_fncol, 
#>                 0, 0.01))
#>             if (data$model_refp > 1) {
#>                 init$refp_sd_beta <- array(rnorm(data$refp_fncol, 
#>                   0, 0.01))
#>             }
#>         }
#>         if (data$refp_rncol > 0) {
#>             init$refp_mean_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refp_rncol, 
#>                 priors$refp_mean_beta_sd_p[1], priors$refp_mean_beta_sd_p[2]/10)))
#>             if (data$model_refp > 1) {
#>                 init$refp_sd_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refp_rncol, 
#>                   priors$refp_sd_beta_sd_p[1], priors$refp_sd_beta_sd_p[2]/10)))
#>             }
#>         }
#>         if (data$model_refnp > 0) {
#>             if (data$refnp_fintercept > 0) {
#>                 init$refnp_int <- array(rnorm(1, priors$refnp_int_p[1], 
#>                   priors$refnp_int_p[2]/10))
#>             }
#>             if (data$refnp_fncol > 0) {
#>                 init$refnp_beta <- array(rnorm(data$refnp_fncol, 
#>                   0, 0.01))
#>             }
#>             if (data$refnp_rncol > 0) {
#>                 init$refnp_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refnp_rncol, 
#>                   priors$refnp_beta_sd_p[1], priors$refnp_beta_sd_p[2]/10)))
#>             }
#>         }
#>         return(init)
#>     }
#>     return(fn)
#> }
#> <bytecode: 0x560dd6afd800>
#> <environment: 0x560df25c22f8>
#> 

# Combined parametric and non-parametric model
enw_reference(
 parametric = ~ 1, non_parametric = ~ 0 + (1 | delay_cat),
 data = enw_example("preprocessed")
)
#> $formula
#> $formula$parametric
#> [1] "~1"
#> 
#> $formula$non_parametric
#> [1] "~0 + (1 | delay_cat)"
#> 
#> 
#> $data
#> $data$refp_fdesign
#>   (Intercept)
#> 1           1
#> 
#> $data$refp_fintercept
#> [1] 1
#> 
#> $data$refp_fnrow
#> [1] 1
#> 
#> $data$refp_findex
#>  [1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
#> [39] 1 1 1
#> 
#> $data$refp_fnindex
#> [1] 41
#> 
#> $data$refp_fncol
#> [1] 0
#> 
#> $data$refp_rdesign
#>      (Intercept)
#> attr(,"assign")
#> [1] 0
#> 
#> $data$refp_rncol
#> [1] 0
#> 
#> $data$model_refp
#> [1] 2
#> 
#> $data$refnp_fdesign
#>     delay_cat[0,5) delay_cat[5,10) delay_cat[10,15) delay_cat[15,20)
#> 1                1               0                0                0
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#> $data$refnp_rdesign
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#> 1     0         1
#> 2     0         1
#> 3     0         1
#> 4     0         1
#> attr(,"assign")
#> [1] 1 2
#> 
#> $data$refnp_rncol
#> [1] 1
#> 
#> $data$model_refnp
#> [1] 1
#> 
#> 
#> $priors
#>             variable
#>               <char>
#> 1:     refp_mean_int
#> 2:       refp_sd_int
#> 3: refp_mean_beta_sd
#> 4:   refp_sd_beta_sd
#> 5:         refnp_int
#> 6:     refnp_beta_sd
#>                                                       description
#>                                                            <char>
#> 1:         Log mean intercept for parametric reference date delay
#> 2: Log standard deviation for the parametric reference date delay
#> 3:    Standard deviation of scaled pooled parametric mean effects
#> 4:      Standard deviation of scaled pooled parametric sd effects
#> 5:              Intercept for non-parametric reference date delay
#> 6:     Standard deviation of scaled pooled non-parametric effects
#>             distribution  mean    sd
#>                   <char> <num> <num>
#> 1:                Normal   1.0     1
#> 2: Zero truncated normal   0.5     1
#> 3: Zero truncated normal   0.0     1
#> 4: Zero truncated normal   0.0     1
#> 5:                Normal   0.0     1
#> 6: Zero truncated normal   0.0     1
#> 
#> $inits
#> function (data, priors) 
#> {
#>     priors <- enw_priors_as_data_list(priors)
#>     fn <- function() {
#>         init <- list(refp_mean_int = numeric(0), refp_sd_int = numeric(0), 
#>             refp_mean_beta = numeric(0), refp_sd_beta = numeric(0), 
#>             refp_mean_beta_sd = numeric(0), refp_sd_beta_sd = numeric(0), 
#>             refnp_int = numeric(0), refnp_beta = numeric(0), 
#>             refnp_beta_sd = numeric(0))
#>         if (data$model_refp > 0) {
#>             init$refp_mean_int <- array(rnorm(1, priors$refp_mean_int[1], 
#>                 priors$refp_mean_int[2]/10))
#>         }
#>         if (data$model_refp > 1) {
#>             init$refp_sd_int <- array(abs(rnorm(1, priors$refp_sd_int[1], 
#>                 priors$refp_sd_int[2]/10)))
#>         }
#>         init$refp_mean <- rep(init$refp_mean_int, data$refp_fnrow)
#>         init$refp_sd <- rep(init$refp_sd_int, data$refp_fnrow)
#>         if (data$refp_fncol > 0) {
#>             init$refp_mean_beta <- array(rnorm(data$refp_fncol, 
#>                 0, 0.01))
#>             if (data$model_refp > 1) {
#>                 init$refp_sd_beta <- array(rnorm(data$refp_fncol, 
#>                   0, 0.01))
#>             }
#>         }
#>         if (data$refp_rncol > 0) {
#>             init$refp_mean_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refp_rncol, 
#>                 priors$refp_mean_beta_sd_p[1], priors$refp_mean_beta_sd_p[2]/10)))
#>             if (data$model_refp > 1) {
#>                 init$refp_sd_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refp_rncol, 
#>                   priors$refp_sd_beta_sd_p[1], priors$refp_sd_beta_sd_p[2]/10)))
#>             }
#>         }
#>         if (data$model_refnp > 0) {
#>             if (data$refnp_fintercept > 0) {
#>                 init$refnp_int <- array(rnorm(1, priors$refnp_int_p[1], 
#>                   priors$refnp_int_p[2]/10))
#>             }
#>             if (data$refnp_fncol > 0) {
#>                 init$refnp_beta <- array(rnorm(data$refnp_fncol, 
#>                   0, 0.01))
#>             }
#>             if (data$refnp_rncol > 0) {
#>                 init$refnp_beta_sd <- array(abs(rnorm(data$refnp_rncol, 
#>                   priors$refnp_beta_sd_p[1], priors$refnp_beta_sd_p[2]/10)))
#>             }
#>         }
#>         return(init)
#>     }
#>     return(fn)
#> }
#> <bytecode: 0x560dd6afd800>
#> <environment: 0x560df325e930>
#>